terdapat beberapa faktor dalaman yang berlakunya kejatuhan melaka semasa pemerintahan sultan mahmud shah ialah:
FAKTOR DALAMAN
– Sistem pemerintahan yang lemah
Sistem pemerintahan yang lemah semasa pemerintahan Kesultanan Melaka merupakan faktor yang pertama dilihat menjurus kepada kejatuhan Melaka.Sultan Mahmud (1488-1511)pengganti kepada ayahndanya Sultan Allauddin(1477-1488) tidak mampu memberi tumpuan kepada pentadbiran negeri dan gagal mengawal tindakan pembesar-pembesarnya yang lebih berkuasa terhadap rakyatnya. Ketokohan Sultan Allaudin yang dikenali sebagai seorang yang perkasa , tegas ,alim , berani dan adil tidak mampu diwarisi oleh Sultan Mahmud yang zalim, suka berfoya-foya dan berpelesaran , leka dengan ilmu agama sehingga mengabaikan pentadbiran , tidak adil dan kurang bertimbangrasa.
– Pengganti bendahara yang tidak berwibawa
Bendahara-bendahara yang mengganti Tun Perak tidak mempunyai ketokohansehebat beliau. Adiknya Tun Perpatih Putih adalah orang yang boros dan anak-saudaranya Tun Mutahir cenderung mencari laba dan kekayaan sebanyak yang mampu lalu memperagakan kekayaan dan kedudukan beliau tanpa segan silu. Kekayaan dan kesejahteraan yang melimpah-ruah telah menyebabkan kepimpinan leka dan lemah serta mengabaikan negara.
– Perbalahan pembesar-pembesar Istana
Pembesar-pembesar kembali berpuak-puak, bukan sahaja puak melayu dan India Muslim, malah puak tua (berpihak kepada Sultan Mahmud) dan puak muda (bersama Sultan Ahmad Syah). Perpecahan begini melemahkan kaum bangsawan sebagai pentadbiran dan pemimpin negara.
– Pemecatan Pembesar yang cekap
Akibat pembunuhan Bendahara Tun Mutahir , Penghulu Bendahari Tun Tahir dan Temenggung Tun Hasan ,Melaka kehilangan pembesar-pembesar yang cekap dan berpengalaman malah turut terjejas ialah jawatan Laksamana.Jawatan tersebut yang dipegang oleh Laksamana Khawaja Hasan telah dilucutkan kerana menyampaikan fitnah tanpa usul periksa. Ini menyebabkan tiada angkatan laut yang mempertahankan Melaka.
– Tidak setia kepada Raja
Kerajaan Melaka bukanlah satu unit politik yang teguh tetapi terdiri daripada lalu memperagakan kekayaan dan kedudukan beliau tanpa segan silu. Kekayaan dan kesejahteraan yang melimpah-ruah telah menyebabkan kepimpinan leka dan lemah serta mengabaikan negara.
– Cukai yang tinggi
Para pedagang dan saudagar pula semakin dikenakan cukai yang berlebihan .Suasana ini kurang disenangi oleh mereka. Pedagang dan saudagar-saudagar ini berpaling arah mencari pelabuhan lain seperti Acheh, Bantam, Patani dan Brunei yang lebih murah cukainya. Pembesarpembesar tidak lagi turut berdagang tetapi meninggalkannya untuk menyandang jawatan-jawatan di istana.
Kelemahan dan kucar-kacir di istana
Kelemahan Raja Melaka yang selalu meninggalkan istana kerana berundur diri menyebabkan ada pihak-pihak berebut inginkan takhta kerajaan. Sikap pembesar seperti Tun Mutahir yang sombong dan sentiasa berlagak memang tidak menghiraukan kerabat diraja, menjadi salah satu punca perpecahan di istana. Pada suatu ketika , Sultan Mahmud ingin mengahwini anaknya Tun Fatimah yang cantik itu pun tidak dihiraukannya sedangkan ketika itu Sultan Mahmud kematian permaisuri. Fitnah yang menimpa Tun Mutahir dan keluarganya mengakibatkan terhapusnya suatu keluarga yang terkuat dan berpengaruh di Melaka.
– Semangat Jihad yang lemah
Walaupun agama Islam berpusat dan tersebar di Melaka, namun pegangan agama itu dikalangan pembesar dan penduduknya amat tipis. Mereka kerap mempersendakan kehadiran ulamau-lama asing. Semangat berjihad mempertahankan bumi bertuah itu dan demi agama Islam tidak tertanam kukuh disanubari mereka.